بررسی بیوانفورماتیکی تغییرات بیان رونوشت ژن‌های شیردان به آلودگی انگل Heamonchus contortus در گوسفندان مقاوم و حساس

Abstract

هدف از این مطالعه، انجام یک بررسی سیستماتیک و متاآنالیز داده­های جمع آوری شده از گوسفندان آلوده شده با Heamonchus contortus به عنوان یکی از مهمترین و بیماری­زاترین انگل­های دستگاه گوارش گوسفند و تجزیه و تحلیل کلی تغییر در رونوشت ژن­های شیردان در پاسخ به این عفونت با استفاده از فناوری RNA-seq و ابزارهای بیوانفورماتیک بود. به منظور شناسایی ژن‌ها و مسیرهای مرتبط با عفونت، متاآنالیز با ترکیب مجموعه داده­های مختلف عفونت Heamonchus contortus گوسفند با استفاده از بسته­ رنک پراد نرم افزار R انجام شد و نتایج به­دست آمده برای استحصال اطلاعات بیشتر مورد تجزیه و تحلیل­های پائین­دستی قرار گرفتند. نتایج حاصل از متاآنالیز نشان داد که در مجموع، 1388 ژن بین نژادهای مقاوم و حساس دارای بیان افتراقی (DEGها) بودند. مطابق با نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل هستی­شناسی ژن و دانشنامه­ کیوتوی ژن­ها و ژنوم­ها (KEGG)، این ژن­های دارای بیان افتراقی (DEGها) در فرآیندهای زیستی متعددی مانند سوخت و ساز واحدهای یک کربنی، ترجمه، مسیر سیگنالینگ رسپتور سطح سلولی، پاسخ ایمنی، مسیرهای متابولیکی و ... درگیر بودند. با استفاده از تجزیه و تحلیل برهمکنش پروتئین-پروتئین، ژن­های هاب متعددی مانند آلبومین و CD4 شناسایی شدند که ممکن است نشان دهد بهبود پاسخ ایمنی ناشی از افزایش بیان ژن­های مختلف در ایجاد مقاومت تأثیر می­گذارد. نتایج این مطالعه، بینشی کلی از تغییرات در ترانسکریپتوم نژادهای مقاوم و حساس گوسفند و ساز و کارهای مولکولی مقاومت میزبان در نتیجه عفونت Heamonchus contortus ارائه می­دهد که می­تواند مبنایی برای تحقیقات بیشتر در مورد این موضوع فراهم نماید.

Keywords

• بیان افتراقی
• تجزیه rna-seq
• متاآنالیز
• هستی‌شناسی ژن‌ها