مجله دانشکده پزشکی اصفهان (Aug 2016)
تکثیر و توالی‌یابی بخشی از ژن مسؤول تشکیل خط سفید دفاعی در Pseudomonas aeruginosa با استفاده از Degenerate Polymerase Chain Reaction
Abstract
مقدمه: لیپوپپتیدهای Pseudomonas مانند White line-inducing principle (WLIP)، دارای فعالیت‌های ضد میکروبی حایز اهمیتی می‌باشند. زمانی که باکتری مولد WLIP در مجاورت با Pseudomonas tolaasii کشت داده شود، خط سفید رنگی در بین آن‌ها ایجاد خواهد شد. با شناسایی راهبرد White line reaction (WLR) و بررسی تنوعات آن در انواع مختلف Pseudomonas شاید بتوان از آن به عنوان رویکردی برای درمان بیماری‌های عفونی استفاده کرد. در این مطالعه، با استفاده از تکنیک Degenerated polymerase chain reaction (Degenerate PCR) سعی گردید تا برای اولین بار به طور جزیی سیستم ژنتیک WLR در Pseudomonas aeruginosa شناسایی شود. روش‌ها: آنالیز دمین آنزیم‌های Non-ribosomal peptide synthetase (NRPS) با استفاده از ابزار Nonribosomal peptide synthetase-Polyketide synthases (NRPS-PKS) انجام شد. همچنین، با به کارگیری برنامه‌ی Geneious الاینمنت چندگانه‌ی توالی DNA، آنالیزهای فیلوژنتیک و بلاست لوکال انجام گردید. در نهایت، DNA ژنومی Pseudomonas aeruginosa LMG 1272 استخراج و Degenerate PCR انجام شد. یافته‌ها: در ابتدا تکثیر (PCR) بر اساس دمین‌های C1 و TE انجام شد. با وجود تکرارها و تغییرات متعدد، علاوه بر باند مورد نظر، باندهای دیگری نیز به دست آمد. بدین منظور، با استفاده از ژن wlp/wip بلاست بر علیه ژنوم‌های Pseudomonas aeruginosa انجام شد. دو رکورد در دو سویه‌ی Pseudomonas aeruginosa در حدود 50 درصد Identity با ژن wlpB سویه‌ی RW10S2 مشاهده شد. بعد از الاینمنت این دو رکورد با wlpB در RW10S2، طراحی پرایمر و تکثیر انجام شد. با انجام Blastp تنها یک پروتئین به نام Gramicidin D در باکتری Ralstonia solanacearum SD54 با میزان Identity حدود 43 درصد مشاهده شد. نتیجه‌گیری: تشکیل خط سفید دفاعی توسط سویه‌ی Pseudomonas aeruginosa به احتمال زیاد توسط یک سیستم ژنتیک متفاوت از آنچه که تاکنون گزارش شده است، انجام می‌شود.
