برآورد اثر لایه بندی جمعیتی در گله های خویشاوند و آمیخته گاوهای شیری به روش مطالعات ارتباطی کل ژنومی با شبیه سازی

Abstract

لایه بندی جمعیتی5 یکی از مسائلی است که می تواند در مطالعات ارتباطی ژنومی باعث بروز خطا شود. در تحقیق حاضر از شیوه مطالعه ارتباطی ژنومی (طرح Case-Control) برای شناسایی اثر لایه بندی جمعیتی استفاده شد. جامعه آماری و ژنوم 10000 گاو در طی 100 نسل با روش تعادل رانش – جهش ژنتیکی شبیه سازی و سپس با استفاده از جامعه مذکور، 800 گاو آمیخته و خالص با 50000 SNP تعیین ژنوتیپ شده در طول 30 جفت کروموزوم، ایجاد شدند. نتایج نشان داد که هر چه نسبت Case/Control در بین جوامع خویشاوند از عدد یک بیشتر منحرف شود، شاخص آماری لامبدا که نشان دهنده اثر لایه بندی جمعیتی است، افزایش خواهد یافت. به طوری که شاخص لامبدا در مدل ژنتیکی افزایشی با نسبت های 1، 77/0 و 33/0 به ترتیب 42/0 ، 31/11 و 77/97 و در مدل ژنتیکی عدم غلبه، به ترتیب 47/0 ، 21/8 و 40/57 برآورد گردید. اثر لایه بندی جمعیتی در بین گروههای مختلف جامعه گاوهای آمیخته وجود نداشت و شاخص لامبدا در مدلهای ژنتیکی عدم غلبه، غلبه کامل، مغلوبیت، افزایشی و فوق غلبه به ترتیب 55/0 ، 66/0 ، 89/0 ، 76/0 و 41/0 برآورد شد. نتایج تحقیق حاضر نشان داد که برای کنترل اثر لایه بندی جمعیتی در مطالعات ارتباطی ژنومی، گروههای case-control نبایستی از جوامعی مختلف با اجداد و درجه خویشاوندی متفاوت انتخاب شوند، مگر با نسبتهای کاملا یکنواخت در دو جامعه. همچنین، پیشنهاد می گردد از گاوهای آمیخته به دلیل عدم وجود عامل ساختار ژنتیکی جمعیتی استفاده گردد.

Keywords

• لایه بندی جمعیتی
• مطالعات ارتباطی
• snp