Genome-wide mapping of individual replication fork velocities using nanopore sequencing

Bertrand Theulot; Laurent Lacroix; Jean-Michel Arbona; Gael A. Millot; Etienne Jean; Corinne Cruaud; Jade Pellet; Florence Proux; Magali Hennion; Stefan Engelen; Arnaud Lemainque; Benjamin Audit; Olivier Hyrien; Benoît Le Tallec

doi:10.1038/s41467-022-31012-0

Nature Communications (Jun 2022)

Genome-wide mapping of individual replication fork velocities using nanopore sequencing

Bertrand Theulot,
Laurent Lacroix,
Jean-Michel Arbona,
Gael A. Millot,
Etienne Jean,
Corinne Cruaud,
Jade Pellet,
Florence Proux,
Magali Hennion,
Stefan Engelen,
Arnaud Lemainque,
Benjamin Audit,
Olivier Hyrien,
Benoît Le Tallec

Affiliations

Bertrand Theulot: Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL
Laurent Lacroix: Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL
Jean-Michel Arbona: Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule, Ecole Normale Supérieure de Lyon, CNRS, UMR5239, INSERM, U1293, Université Claude Bernard Lyon 1
Gael A. Millot: Institut Pasteur, Université Paris Cité, Bioinformatics and Biostatistics Hub
Etienne Jean: Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL
Corinne Cruaud: Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay
Jade Pellet: Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL
Florence Proux: Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL
Magali Hennion: Université Paris Cité, Epigenetics and Cell Fate, UMR7216, CNRS
Stefan Engelen: Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ. Evry, Université Paris-Saclay
Arnaud Lemainque: Genoscope, Institut de biologie François-Jacob, Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay
Benjamin Audit: ENSL, CNRS, Laboratoire de physique
Olivier Hyrien: Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL
Benoît Le Tallec: Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL

DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-022-31012-0
Journal volume & issue: Vol. 13, no. 1
pp. 1 – 14

Abstract

Read online

Theulot et al. introduce NanoForkSpeed, a nanopore sequencing-based method to map individual replication fork velocities on entire genomes. NFS shows that fork speed is uniform across yeast chromosomes except for a marked slowdown at pausing sites.

Published in Nature Communications

ISSN: 2041-1723 (Online)
Publisher: Nature Portfolio
Country of publisher: United Kingdom
LCC subjects: Science
Website: https://www.nature.com/ncomms/

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