مقایسه روش‌های آماری مختلف در انتخاب ژنومی بر اساس معیار اثربخشی انتخاب

Abstract

هدف از این پژوهش، مقایسه روش‌های مختلف ارزیابی ژنومی با استفاده از معیارهای همبستگی (ρ)، رگرسیون (β)، میانگین مربعات خطا (MSE) و اثربخشی انتخاب (SE) بود. به این منظور، نه سناریوی متفاوت بر اساس سطوح مختلف وراثت‌پذیری (1/0، 3/0 و 5/0) و تعداد متفاوت QTL (20، 200 و 1000) طراحی شد. برای شبیه‌سازی سناریوهای مختلف، پنج نسل با اندازه 1000 حیوان شبیه‌سازی شد، که دو نسل نخست به عنوان جمعیت مرجع و سه نسل بعدی به عنوان جمعیت تأیید در نظر گرفته شد. برای هر حیوان، ژنومی به طول 500 سانتی‌مورگان با تراکم نشانگری 10000 SNP متشکل از پنج کروموزوم شبیه‌سازی شد. پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی با سه روش آماری GBLUP، Bayes A و Bayes B انجام شد. نتایج حاصل نشان داد با افزایش فاصله نسل از جمعیت مرجع، صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای هر سه روش آماری کاهش می‌یابد، هر چند روش‌های بیزی از نظر تداوم صحت، عملکرد بهتری داشتند. بر اساس معیارهای همبستگی، رگرسیون و اثربخشی انتخاب، با افزایش سطوح وراثت‌پذیری بهبود صحت مشاهده شد، اما معیار میانگین مربعات خطا روند معکوسی را نشان داد. در روش‌های بیزی، تعداد پایین QTL دارای عملکرد بهتری بودند، اما در تعداد بالای QTL، تفاوت روش‌های مختلف ارزیابی ژنومی به کمترین میزان رسید. نتایج اثربخشی انتخاب در مقایسه با صحت ارزش اصلاحی ژنومی نشان داد که صحت همیشه نمی‌تواند معیار مناسبی برای تعیین روش‌ برتر ارزیابی ژنومی باشد.

Keywords

• ارزش اصلاحی ژنومی
• رتبه‌بندی
• روش‌های بیزی
• صحت
• ضریب رگرسیون