Iatreia (Nov 2009)
Association of the TPO gene in Colombian families with type 1 diabetes Asociación del gen TPO en familias colombianas con la diabetes tipo 1
Abstract
<p class="MsoNormal" style="text-align: justify; line-height: 200%; margin: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none;"><span style="line-height: 200%; font-family: 'Times New Roman','serif'; font-size: 12pt; mso-ansi-language: EN-US;">We have found linkage and association of type 1 diabetes (T1D) to 2p25. The TPO gene lies within this region. Our aim was to test the association of this gene with the susceptibility to T1D in a group of Colombian families, all of them originated in Antioquia, a special population in northwestern Colombia. One hundred familial trios with type 1 diabetes (T1D) were analyzed. They had already been studied for anti-glutamic acid descarboxilase (GAD) antibodies and the marker locus D2S319.</span></p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify; line-height: 200%; margin: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none;"><span style="line-height: 200%; font-family: 'Times New Roman','serif'; font-size: 12pt; mso-ansi-language: EN-US;">For further characterization, the probands were tested for autoantibodies against insulin, TPO and thyrosine phosphatase 2 (IA-2). Two single nucleotide polymorphisms (SNPs) (rs4927611 and rs732609) were tested in TPO. These two markers were chosen considering that the polymorphism changes the encoded amino-acid and a minor allele frequency, MAF, ≥ 0.3. SNP typing was carried out by means of the polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphisms (PCR-RFLP) and the tetraprimer amplification <span style="mso-spacerun: yes;"> </span>refractory <span style="mso-spacerun: yes;"> </span>mutation <span style="mso-spacerun: yes;"> </span><span style="mso-spacerun: yes;"> </span>system <span style="mso-spacerun: yes;"> </span>(ARMS-PCR) methods. Hardy-Weinberg </span><span style="line-height: 200%; font-family: 'Times New Roman','serif'; font-size: 12pt; mso-ansi-language: EN-US;">equilibrium (HWE) and linkage disequilibrium (LD) analyses were separately tested on both parents and probands. Genetic association was tested by the transmission disequilibrium test (TDT).</span></p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify; line-height: 200%; margin: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none;"><span style="line-height: 200%; font-family: 'Times New Roman','serif'; font-size: 12pt; mso-ansi-language: EN-US;">It was found that 86% of the patients presented at least one of the three auto-antibodies tested. Both parents and probands were found in HWE for both SNPs. In addition, the two markers were found in tight LD (p < 0.0001). A haplotype associated with susceptibility to the disease was identified (p = 0.0116).</span></p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify; line-height: 200%; margin: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none;"><span style="line-height: 200%; font-family: 'Times New Roman','serif'; font-size: 12pt; mso-ansi-language: EN-US;">Autoimmunity was found in a proportion similar to that previously reported. It was found that a haplotype at TPO gene is associated with the disease. Such haplotype is characterized by alleles G and A at rs4927611 and rs732609 SNPs, respectively. Our results suggest a possible causative participation of the TPO gene in T1D. In order to verify them, a sample of equivalent size is currently being collected, from the same population in Colombia.</span></p> <p class="MsoNormal" style="text-align: justify; line-height: 200%; margin: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none;"><span style="line-height: 200%; font-family: ">Hemos encontrado ligamiento y asociación de la diabetes mellitus tipo 1 (T1D) con 2p25. En esta región se halla el gen TPO. Nuestro objetivo fue estudiar la asociación de dicho gen con la susceptibilidad a la T1D en un grupo de familias colombianas, todas ellas originarias de Antioquia, una población especial en el noroccidente del país. Se analizaron cien tríos familiares con T1D. Estas familias ya habían sido estudiadas para </span><span style="line-height: 200%; font-family: ">anticuerpos contra la ácido-glutámico-descarboxilasa (GAD) y el locus marcador D2S319. Para una caracterización adicional se estudió a los probandos para autoanticuerpos contra insulina, tiroperoxidasa (TPO) y fosfatasa de tirosina 2 (IA2). Se estudiaron en TPO dos polimorfismos de un solo nucleótido (SNP): rs4927611 y rs732609. Se escogieron estos marcadores teniendo en cuenta que el polimorfismo cambia el aminoácido codificado y una frecuencia del alelo menor, MFA, ≥ 0,3.</span></p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify; line-height: 200%; margin: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none;"><span style="line-height: 200%; font-family: ">La tipificación de los SNP se llevó a cabo mediante la reacción en cadena de la polimerasa-restricción de fragmentos de longitud polimórfica (PCR-RFLP) y el </span><span style="line-height: 200%; font-family: " lang="EN-US">tetraprimer amplification refractory modification system (ARMS-PCR). </span><span style="line-height: 200%; font-family: ">Los análisis de equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) y de desequilibrio de ligamiento (LD) se hicieron </span><span style="line-height: 200%; font-family: ">separadamente tanto en los padres como en los probandos.</span></p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify; line-height: 200%; margin: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none;"><span style="line-height: 200%; font-family: ">Se estudió la asociación genética por medio de la prueba de desequilibrio de la transmisión (TDT). Encontramos que 86% de los pacientes presentaban al menos uno de los tres autoanticuerpos estudiados. Tanto los probandos como sus padres se encontraron en equilibrio de Hardy- Weinberg para ambos SNP. Además, los dos marcadores se encontraron en estrecho desequilibrio de ligamiento (LD) (p < 0,0001). Se identificó un haplotipo asociado con susceptibilidad a la enfermedad (p = 0,0116).</span></p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify; line-height: 200%; margin: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none;"><span style="line-height: 200%; font-family: ">Se halló autoinmunidad en una proporción similar a la previamente informada. Se encontró que un haplotipo en el gen TPO está asociado con la enfermedad. Tal haplotipo se caracteriza por los alelos G y A en los SNP rs4927611 y rs732609, respectivamente. Nuestros resultados sugieren una posible participación causal del</span></p><p class="MsoNormal" style="text-align: justify; line-height: 200%; margin: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none;"><span style="line-height: 200%; font-family: ">gen TPO en la T1D. Para verificarlos, se está recolectando una muestra de similar tamaño en la misma población colombiana.</span></p><p> </p>
