Revista de Ciencias Tecnológicas (Oct 2024)
Predicción estructural y funcional de las ADN glicosilasas así como su relación filogenética por métodos bioinformáticos
Abstract
Las bases nitrogenadas que conforman a los nucleótidos del ADN pueden ser alteradas por factores externos e internos. El mecanismo de reparación por escisión de bases (BER) se encarga de remover las bases dañadas a través de un conjunto de enzimas. En este trabajo realizamos un análisis in silico de las secuencias de los genes y proteínas de las glicosilasas encargadas de eliminar las bases alteradas: MPG, OGG1, NEIL1, MUTYH y NTHL1 que participan en la reparación por el mecanismo de BER de Homo sapiens. Utilizamos diferentes softwares bioinformáticos con el objetivo de caracterizar el contenido de guanina y citocina (G≡C) de los genes, las estructuras secundarias y terciaria de las glicosilasas, los motivos en las proteínas, así como la relación filogenética entre las glicosilasas. Las secuencias de los genes y de los aminoácidos se descargaron del GeneBank, se utilizaron los softwares en línea GENSCAN, Gor4, phyre2, InterPro y MEGA. El contenido G≡C obtenido en porcentaje fueron de 63.80%, 63.50%, 61.33%, 60.48% y 59.20% para MPG, NTHL1, NEIL1, MUTYH y OGG1 respectivamente. La estructura secundaria de las proteínas mostró que NTHL1 tiene el porcentaje más alto (43.42%) de alfa hélice, OGG1(16.23%) en la estructura de cadena extendida y NEIL1 en el plegamiento aleatorio (57.69%). Adicionalmente se realizó la predicción de la estructura terciaria y de los dominios en las proteínas, el dominio HhH está presente en OGG1, MUTYH y NTHL1. El árbol filogenético mostró la relación evolutiva entre los genes estudiados, siendo el gen OGG1 el ancestro común. Los resultados de las predicciones son importantes para comprender la estructura molecular de las glicosilasas, además la información generada puede ser utilizados tanto en estudios experimentales, biotecnológicos y en la función evolutiva durante la reparación del ADN y en el diseño de estrategias terapéuticas en las cuales están involucradas las glicosilasas.
Keywords
