تحلیل تبارزائی جدایه ایرانی ویروس نوار زرد تره‌فرنگی از میزبان سیر براساس نواحی ژنومی CI و CP

Abstract

چکیدهویروس نوار زرد تره‌فرنگیLeek yellow stripe virus- LYSV) ) متعلق به جنس Potyvirus و خانواده Potyviridae، به عنوان یکی از بیمارگرهای غالب و مهم با بیماری‌زایی بالا در میزبان سیر معرفی شده است. در این مطالعه به منظور شناسایی LYSV، نمونه‌برداری از استان خوزستان، شهرستان شوشتر انجام شد. بدین منظور تعداد 28 نمونه‌ برگی سیر با علائم کلروز نواری، موزائیک و بدشکلی جمع‌آوری شد. بررسی اولیه آلودگی با استفاده از آغازگر‌های عمومی پوتی‌ویروسی مربوط به هریک از نواحی ژنی CI (Cylindrical Inclusion) و NIb (Nuclear Inclusion body) با استفاده از آزمون RT-PCR صورت گرفت. الکتروفورز محصول PCR بر روی ژل آگارز 1% به ترتیب وجود قطعاتی به طول 700 و 350 جفت بازی را در 15 نمونه از میان 28 نمونه جمع‌آوری ‌شده نشان داد. اما نتایج حاصل از تعیین توالی نوکلئوتیدی، صرفا آلودگی سه نمونه از میان 15 نمونه به LYSV را تأیید نمود. جهت تکمیل بررسی‌ها، جدایه‌ای با نام LYSV-AE65 انتخاب و با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی مربوط به توالی کامل ژن‌های CI و CP (Coat Protein) مورد بررسی قرار گرفت. محصول PCR مربوط به هر قطعه ژنومی پس از همسانه‌سازی در حامل پلاسمیدی pTG19-T، توالی‌یابی شد. نتایج حاصل از بررسی تبارزائی بر اساس ترادف نوکلئوتیدی هریک از ژن‌های CI و CP، ارتباط روشنی بین گروه‌بندی تبارزائی با منشاء جغرافیـایی و میزبانی را نشان نداد. در بررسی وقوع نوترکیبی در این جدایه با استفاده از برنامه RDP4 هیچ نوترکیبی در این نواحی مشاهده نشد. این مطالعه اولین بررسی مولکولی LYSV در ایران می‌باشد.

Keywords

• کلمات کلیدی: ویروس نوار زرد تره‌فرنگی
• سیر
• تبارزائی
• نوترکیبی