بهبود ارزیابی ژنومی گاوهای هلشتاین با استفاده از ماتریس روابط ژنومی بر پایه اطلاعات هاپلوتایپ ها

Abstract

امروزه استفاده از اطلاعات هاپلوتایپ‌ به منظور تخمین ارزش ‌اصلاحی ژنومی (GEBV) با صحت و دقت بالاتر مورد توجه قرار گرفته است. استفاده از شباهت بین هاپلوتایپ ها نسبت به مستقل در نظر گرفتن اثرات هاپلوتایپ‌ها می‌تواند منجر به قابلیت پیش‌گویی بالاتر برآوردهای ژنومی ‌گردد. هدف از این مطالعه بررسی صحت و اریبی GEBV به روش بهترین برآورد نااریب خطی ژنومی (GBLUP) با استفاده از ماتریس روابط خویشاوندی ژنومی بر پایه اطلاعات نشانگرهای چندشکلی تک نوکلئوتیدی (GSNP) و هاپلوتایپ‌ (GHAP) و ماتریس هیبرید شامل اطلاعات هاپلوتایپ‌ها وSNPها (GSNP,HAP) بود. ماتریس‌های روابط خویشاوندی ژنومی با استفاده از تراشه k50 برای جمعیت گاو شیری هلشتاین آمریکای شمالی برای صفات تولید چربی شیر، تولید شیر، نمره سلول بدنی، تیپ و روزهای باز تشکیل گردید. مقادیر صحت GEBV با استفاده از ماتریس GSNP و GHAP به ترتیب از 49/0 (روزهای باز) تا 72/0 (تولید چربی شیر) و 50/0(روزهای باز) تا 73/0 (تولید چربی شیر) متغیر بود. استفاده از ماتریس GHAP در مقایسه با دیگر ماتریس های مورد بررسی در این مطالعه منجر به برآوردهای نااریب‌تری در تمام صفات شد. استفاده از ماتریس GHAP نسبت به GSNP موجب 6 تا 15 درصد کاهش اریبی برآوردها در صفات مختلف گردید. یکی از دلایل بهبود اریبی برآوردها می تواند برآورد بهتر واریانس ژنتیکی در سطح جمعیت توسط هاپلوتایپ نشانگرها نسبت به نشانگر انفرادی باشد. بر اساس نتایج حاضر ماتریس GHAP می تواند جایگزین مناسبی برای GSNP در ارزیابی های ژنومی به منظور دستیابی به برآوردهای ارزش اصلاحی نااریب تر و دقیق تر باشد.

Keywords

• صحت
• اریبی برآوردها
• ماتریس روابط خویشاوندی ژنومیکی
• هاپلوتایپ
• گاو هلشتاین