تحلیل تبارزائی ویروس‌ ای مو (Grapevine virus A) از باغات انگور استان خراسان رضوی براساس بخشی از چارچوب ژنی ORF5

Abstract

ویروس ای مو (Grapevine virus A; GVA) از اعضای جنس Vitivirus و یکی از مهم‌ترین عوامل ایجاد روگوز (چروکیدگی) چوب در مو است. در طول سال‌های ۱۳۹۸ تا ۱۴۰۰، مجموعاً 79 نمونه برگی دارای علائم زردی و قرمزی برگ و زوال در تاکستان‌های استان خراسان رضوی (بردسکن، کاشمر، خلیل‌آباد و محمدیه)، جمع‌آوری شد. آلودگی اولیه نمونه‌ها به GVA با استفاده از آزمون الایزا مستقیم بررسی و تایید نهایی نتایج با آزمون RT-PCR و توسط آغازگرهای اختصاصی پروتئین p10 (ORF5) انجام شد. استخراج RNA از تراشه‌های پوست سبز ساقه و برگ‌های جوان مو، با استفاده از بافر CTAB انجام شد. GVA در ۱۴ نمونه، توسط آزمون الایزا تشخیص داده شد و با استفاده از RT-PCR، در ۱۴ نمونه قطعه‌ای به طول ۲۳۸ جفت باز از پروتئین p10 تکثیر شد. محصولات تکثیر شده از چهار نمونه پس از خالص ­سازی از ژل، به حامل pTG19-T الحاق و پلاسمیدهای نوترکیب پس از انتخاب، در هر دو جهت توالی‌یابی شدند. ترادف­ های به­ دست آمده با ترادف­ های موجود در بانک ژن مقایسه و شباهت نوکلئوتیدی 95-7/85 درصد بود. درخت تبارزائی بر پایه پروتئین p10 نشان داد که چهار گروه اصلی وجود دارند و جدایه‌های خراسان رضوی در گروه چهارم قرار می‌گیرند. مقایسه توالی پروتئین p10 جدایه‌های ایرانی با سایر جدایه‌ها نشان داد که منطقه پایداری در ناحیه N-ترمینال وجود دارد که شامل موتیف غنی از آرژنین و سپس موتیف انگشت‌روی است. در استان خراسان رضوی مطالعات زیادی روی سایر ویروس‌های مو صورت گرفته است، اما این اولین مطالعه در خصوص تبارزایی جدایه‌های GVA در تاکستان‌های استان خراسان رضوی می‌باشد.

Keywords

• الایزا
• تحلیل تبارزائی
• موتیف
• واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز معکوس
• orf5