استخراج شبکه بین زیست‏ نشانگرهای ترانسکریپتومی ورم پستان گاو شیری ناشی از باکتری استافیلوکوکوس اورئوس با استفاده از ژنوم انسان

Abstract

ورم پستان یکی از بیماری‌های عفونی غدد پستانی در گاوهای شیری است که در چند دهه‌ اخیر، به عنوان یکی از مهم‌ترین بیماری‌هایی که منجر به ضرر اقتصادی در صنعت گاو شیری می‌شود، مورد توجه زیادی قرار گرفته است. وراثت‌پذیری ورم‌ پستان پایین است و لذا مدیریت اصلاح نژادی آن کار سختی به شمار می‌رود. با توجه به اهمیت بیماری ورم پستان در مدیریت واحد‌های پرورش گاو شیری و ساز و کار مولکولی پیچیده درگیر در این بیماری، استخراج شبکه بین زیست‌نشانگرهای ترانسکریپتومی ورم پستان با استفاده از داده‌های امیکس موجود در گونه‌هایی مثل انسان، که حاشیه‌نویسی ژنومی قابل اعتمادی دارند، معقول به نظر می‌رسد. در این پژوهش با استفاده از برازش یک مدل خطی مشابه روی هر ژن یک آزمایش ریزآرایه DNA انجام شده ناشی از استافیلوکوکوس اورئوس بر پستان گاو شیری، فهرستی از ژن‌های متفاوت بیان شده یا زیست‌نشانگرهای ترانسکریپتومی گاوی به­دست آمدند. نتایج نشان داد ژن‌های رمز کننده‌ سایتوکین‌ها و کایموکین‌های CXCL5، CCL2،CXCL2 ، CXCL3، CXCL8 و SAA3 در اثر ورم پستان ناشی از استافیلوکوکوس اورئوس، بیان متفاوتی داشتند. در این پژوهش با نگاشت مجموعه ژن‌های متفاوت بیان شده روی ژنوم انسان، ژن‌های ارتولوگ انسان و گاو به­دست آمدند. شبکه زیست‎نشانگری به­دست آمده از ژن‌های ارتولوگ انسان نشان داد که نشانگر APP (Amyloid beta precursor protein) بیش‏ترین درجه ارتباط را با سایر نشانگرهای ترانسکریپتومی دارد. به نظر می­رسد از نتایج این پژوهش بتوان در برنامه‌های اصلاح نژادی و تهیه­ دارو برای درمان ورم پستان استفاده نمود.

Keywords

• حاشیه‌نویسی ژنومی
• ریزآرایه‏ dna
• زیست‏نشانگر
• سایتوکین‌ها