ردیابی و شناسایی مولکولی گونه ‏های Colletotrichum عامل بیماری آنتراکنوز برخی گیاهان در استان خوزستان

Abstract

تحقیق حاضر به منظور شناسایی گونه‏ های Colletotrichum همراه علایم آنتراکنوز در برخی گیاهان در استان خوزستان، با استفاده از روش‏های مبتنی بر ریخت‌شناسی و تجزیه و تحلیل مولکولی انجام شد. طی سال‏های 96-1395، 40 نمونه برگ و میوه دارای علایم آنتراکنوز از گیاهان توت‏فرنگی، پرتقال، لیمو‏ترش، موز، یونجه و نارنج جمع‏آوری شد که براساس بررسی‌های ریخت‏شناسی، 12 جدایه آن‏ها، از جنس Colletotrichum بودند. از این جدایه‏ها، زیست‏توده میسیلیومی در محیط PDB تهیه و خشک‏انجمادی انجام شد. استخراج DNA با استفاده از یک روش آلی مبتنی بر فنل و کلروفرم انجام شد و سپس، ناحیه ITS و بخش‏هایی از نواحی 28S-D1/D2 وTub2با استفاده از آغازگرهای عمومی و اختصاصی تکثیر و توالی‌یابی شدند. توالی‏های حاصله با توالی‏های مربوط به استرین‏های تیپ در بانک ژن با استفاده از الگوریتم BLASTn و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی (الگوریتم درست‏نمایی بیشینه) مورد مقایسه قرار گرفتند. گونه‏هایColletotrichum gloeosporioides،C. karstii، C. musae، C. nymphaeae و C. truncatum شناسایی و ریخت‏شناسی آن‏ها بررسی شد. در درخت فیلوژنتیکی مبتنی بر توالی‏های ترکیبی، دو ناحیه ژنی ITS و Tub2، جدایه‏های Colletotrichum تحت مطالعه با استرین‏های معتبر از هر گونه خوشه‏بندی شدند و کلاد‏هایی معتبر با ارزش بوت‏استراپ 99-96 درصد ایجاد کردند.

Keywords

• ایران
• تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی
• توالی‌یابی
• ریخت ‏شناسی
• کلتوتریکوم