Le projet « Mille Génomes Gallus » : partager les données de séquences pour mieux les utiliser

Abstract

Le séquençage du génome entier est devenu abordable chez la poule. Le projet « Mille Génomes Gallus » a pour objectif de rassembler les séquences d’animaux du genre Gallus, produites dans des projets de recherche. L’intérêt est d’augmenter la puissance des analyses génomiques en augmentant le nombre de génomes comparés. Les applications possibles concernent l’analyse de la structure du génome, la caractérisation globale de la diversité de l’espèce, l’identification de mutations causales et l’aide à la sélection génomique. Cette synthèse décrit d’abord le contexte de la génomique de la poule avant de développer le concept de « Mille Génomes », de l’illustrer avec un projet pilote porté par des équipes françaises et de discuter les modalités de son extension. Le projet pilote français regroupe 207 séquences individuelles pour 8 projets de recherches financés par des fonds publics, sur une large gamme de populations (poulets de chair, poules pondeuses, races locales, espèces sauvages). Les jeux de données sont décrits par des métadonnées techniques et des métadonnées liées à l’animal et sa population d’origine. Aucune information phénotypique n’est partagée. La comparaison des séquences à la version 5 du génome de référence a permis de répertorier plus de 40 millions de variants SNP. L’analyse de structure des populations a identifié sept groupes génétiques. Le gène MC1R a été choisi comme exemple permettant de détecter une signature de sélection chez les pondeuses de plumage rouge et d’autres gènes candidats sont en cours d’étude sur la qualité de coquille. D’autres données produites en Europe et en Chine montrent que 1000 génomes de poule ont déjà été séquencés. Les principes d’un accord de consortium sont exposés afin d’élargir notre projet à un plus grand nombre de données de séquence.