تحقیقات تولیدات دامی (Nov 2015)
آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی
Abstract
این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام شد. پس از حذف جایگاههای دارای عدم تعادل پیوستگی (جفت جایگاههای دارای r2 بالاتر از 2/0)، 64333 جایگاه SNP جهت آنالیزهای بعدی باقی ماندند. برنامه STRUCTURE جهت بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی کشور در این مجموعه داده به کار گرفته شد. تعداد جمعیتهای فرض شده در هر اجرا از دو تا هشت جمعیت در نظر گرفته شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که در اولین سطح خوشهبندی (2K=)، جمعیتهای سرابی (6/97%) و کردی (3/94%) در خوشه مشترکی قرار گرفتهاند و نژاد سیستانی (92%) نیز خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالیکه سایر نژادها آمیختهای از این دو خوشه بودند. تعداد سه خوشه (3K=) به بهترین شکل تعداد گروههای ژنتیکی موجود در مجموعه دادهها را توجیه کرد. وجود سه خوشه (3K=) در دادهها موجب قرار گرفتن نژاد کردی در یک خوشه مستقل شد. در این مطالعه تفاوتهای ژنتیکی گاوهای بومی ایران به خوبی به وسیله دادههای متراکم SNP شناسایی شدند. همچنین شباهتهای مربوط به توزیع جغرافیایی و خصوصیات تولیدی گاوها نیز با روابط ژنتیکی یافت شده در این مطالعه انطباق داشتند.
