رستنی‌ها (Dec 2018)
بهینه‌سازی روش استخراج DNA ژنومی در برخی خزه‌ها
Abstract
در خزه‌گیان (بریوفیت‌ها)، به علت حضور ترکیبات آلی و متابولیت‌های ثانویه بسیار زیاد از قبیل پلی‌ساکاریدها و ترکیبات فنولی، استخراج DNA و در پی آن واکنشPCR با مشکلات متعددی مواجه است. با این حال، روش‌های متعددی جهت استخراج ژنوم در گیاهان غیرآوندی (بی‌گل) از جمله روش سیلیکاژل و همچنین کیت‌های مختلف تجاری توسط محققان مورد استفاده قرار گرفته است که از یک سو، پرهزینه و از سوی دیگر، ممکن است از لحاظ زیست محیطی دارای مواد خطرناکی باشند. با توجه به استفاده از مواد خطرناک همچون فنول، نیتروژن مایع و همچنین مقرون به صرفه نبودن موادی همچون پروتیینازK و کیت‌های استخراج، یافتن روشی مناسب برای کاهش این گونه ترکیبات و کاهش هزینه‌ها بسیار ضروری به نظر می‌رسد. این مطالعه، با هدف معرفی روش استخراج بهینه شده CTAB در نه گونه خزه در ایران شامل: Homalothecium sericeum، Neckera complanata،Anomodon viticulosus،Trichostomum brachydontium، Dicranum scoparium، Tortula sp.،Plagiomnium cuspidatum،Eurhynchium sp. و Neckera crispaو مقایسه این روش با سه کیت استخراجDNA Vivantus، Biobasic و Rana انجام شد. کمیت DNA های استخراج شده توسط روش نانومتری مشخص و جهت بررسی کیفیتDNA ی استخراج شده علاوه بر الکتروفورز ژل آگارز 1%، از دو نشانگر مولکولی SCoT وISSR نیز استفاده گردید. نتایج نشان داد کهDNA ی ژنومی استخراج شده با وجود آلودگی نمونه‌ها به متابولیت‌های ثانویه، نسبتا دارای خلوص و کیفیت مطلوب‌تری می‌باشد و حذف مواد پرهزینه مانند نیتروژن مایع و پروتیینازK و نیز استفاده از ترکیباتی همچون SDS، Triton X-100 و آمونیوم استات در جهت بهینه کردن کیفیتDNA ژنومی از کارآیی مناسب‌تری برخوردار می‌باشد.
Keywords
