Revista Cubana de Investigaciones Biomédicas (Mar 2002)
Un modelo computacional de reacciones relacionadas con el mal de Alzheimer en el nivel molecular
Abstract
El desarrollo tecnológico de los medios de cómputo ha hecho posible que se estudien sistemas cada vez mayores y con mayor grado de exactitud. El método empleado es el llamado semiempírico con la parametrización PM3 implementado en el programa MOPAC. En este trabajo se modeló la ruptura de los diferentes enlaces del carbono a, así como la del enlace peptídico. Los cálculos fueron hechos en procesadores Pentium Pro (200 MHz, 64 bytes RAM), Dual Pentium II (233 MHz, 128 bytes RAM), Dual Pentium Pro (200 MHz, 128 bytes RAM). La modelación de las reacciones radicálicas de los aminoácidos constituyentes del fragmento activo del péptido b-amiloide arrojó que era posible la reacción de formación de radicales libres y la ulterior reactividad de estos, que puede conducir a la degradación oxidativa de moléculas circundantes. Esta generación de radicales libres es significativa en las posiciones Ca y la asparagina aparece como el resto más activo.The technological development of the computation means has made possible the study of increasingly large systems and with a higher degree of accuracy. The method used is the so-called semiempiric with the PM3 parametrization implemented in the MOPAC program. The rupture of the different bonds of carbon a, as well as that of the peptide bond were designed in this paper. The calculations were made in Pentium Pro (200 MHz, 64 bytes Ram), Dual Pentium II (233 MHz, 128 bytes RAM) and Dual Pentium Pro (200 MHz, 128 bytes RAM) processors. The design of the radical reactions of the aminoacids constituting the active fragment of the b-amyloid peptide showed that the reaction of formation of free radicals and the further reactivitiy of them that may lead to the oxidative degradation of the sorrounding molecules was possible. This generation of free radicals is significant in the positions Ca and asparagine appears as the most active rest.
