مقایسه تنوع میکروبی دوغ گوسفندی عشایر ناحیه سومار به کمک روش های نسل جدید توالی‌یابی و مولکولی وابسته به کشت

Abstract

برخی مردم نگران مصرف مواد غذایی ارگانیکی هستند که احتمالا توسط ریزسازواره‌های بیماری‌زا آلوده شده‌اند، زیرا برخی از این مواد غذایی تحت شرایط بهداشتی ضعیف تولید می‌شوند. هدف از این مطالعه ارزیابی کیفیت بهداشتی دوغ گوسفندی از عشایر سومار و شناسایی کل جامعه میکروبی آن به‌خصوص باکتری‌های اسید لاکتیک می‌باشد. مجموع 40 باکتری اسید لاکتیک از 3 نمونه دوغ گوسفندی جدا گردید. این جدایه‌ها براساس روش مولکولی وابسته به کشت، توسط تکثیر ژن 16S rRNA با پرایمرهای یونیورسال27F و 1492R و توالی‌یابی، به‌صورت Lactobacillus apis 20% Lactobacillus ultunensi,10% Pediococcus argentinicus, 10% و Lactobacillus delbrueckii 40% شناسایی گردیدند. این شناسایی توسط روش مولکولی مستقل از کشت براساس نسل جدید توالی یابی آمپلیکون‌های ژن 16S ribosomal RNA کامل شد. نواحی V3 و V4 از ژن 16S rRNA تکثیر شد و توسط پلتفرم Illumina MiSeq توالی‌یابی گردید. این داده‌ها با نرم‌افزار BaseSpace و بانک اطلاعاتی greengenes آنالیز گردید. جامعه میکروبی دوغ گوسفندی برپایه نسل جدید توالی‌یابی در سطح جنس به‌صورت 08/94% Lactobacillus، 07/1% Pediococcus، 33/0% Streptococcus، 20/0% Enterococcus، 11/0% Candidatus Blochmannia، 11/0% Alkalibacillus، 06/0% Cohnella و 02/3% باکتری غیرقابل طبقه‌بندی شناسایی شدند. در سطح گونه به‌صورت 82/24% Lactobacillus equicursoris، 81/51% Lactobacillus delbrueckii، 61/3% Lactobacillus apis، 79/2% Lactobacillus ultunensis، 86/0% Lactobacillus taiwanensis، 85/0% Lactobacillus gigeriorum، 42/0% Pediococcus argentinicus و 64/13% باکتری غیرقابل طبقه‌بندی شناسایی شدند. روش نسل جدید توالی‌یابی در شناسایی تنوع میکروبی دوغ صحیح‌تر و بهتر شناخته شد. نتایج نشان داد دوغ گوسفندی عشایر سومار از کیفیت ضعیف بهداشتی برخوردار است اما هیچ باکتری بیماری‌زایی در این محصول شناسایی نگردید.

Keywords

• نسل جدید توالی یابی
• دوغ
• گوسفند
• عشایر