شناسایی مولکولی وتجزیه وتحلیل بیوانفورماتیک وبررسی فیلوژنتیکی لاکتوباسیلوس پلانتاروم در نمونه‌های خمیر ترش صنعتی و سنتی

Abstract

باکتری‌های اسید لاکتیک (LAB) گروهی از باکتری‌های گرم مثبت، بدون اسپور هستندکه عموما به‌عنوان ارگانیسم‌های ایمن در نظر گرفته می‌شوند.از آنجایی که این باکتری‌ها توانایی تولید تغییرات مطلوب را در طعم و بافت غذا دارا هستند و بنا به اهمیت لاکتوباسیل‌ها در سلامت انسان، شناسایی مولکولی و بررسی فیلو ژنتیکی لاکتوباسیل‌های جداشده از خمیرترش نمونه محلی تربت جام و المان بر اساس توالی16s RNA مهمترین هدف این مطالعه است.بدین منظور خمیرترش بر اساس خصوصیات ارگانولپتیکی (عطر و طعم) از شهرستان تربت جام جمع‌آوری گردید.نمونه DNA از خمیرترش آلمان به‌طور مستقیم استخراج گردید. پس از استخراج DNA تکثیر قطعه253جفت بازی از ژن 16s RNA ریبوزومی توسط آغازگرهای اختصاصی انجام گرفت. سپس قطعات تکثیر شده تعیین توالی شدند. نتایج به‌دست آمده نشان داد که در موقعیت 182 و 205 به‌ترتیب تغییرات نوکلئوتیدی A/Cو T/C وجود دارد که در موقعیت 182 اسیدآمینه هیستیدین به پرولین و در موقعیت 208 اسید گلوتامین به کدون پایان تغییر داده شد همچنین توالی نهایی بدست آمده از نمونه تربت با طول 253 جفت باز شامل1/24 درصد آدنین، 1/22 درصد گوانین، 3/27 درصد سیتوزین و 5/26درصد تیمین بود. نتایج فیلوژنتیکی با استفاده از روش Neighbor-Joining نشان داد، که باکتری لاکتوباسیلوس پلانتاروم جدا شده ازخمیرترش نمونه محلی تربت جام کمترین فاصله ژنتیکی با آلمان، چین و هلند و بیشترین فاصله ژنتیکی با لاکتوباسیلوس پلانتاروم فرانسه دارد.

Keywords

• اسید لاکتیک
• خمیر ترش
• ژن 16sr rna
• تعیین توالی